Beskid Wyspowy sąsiaduje od południa z Gorcami i Beskidem Sądeckim, od wschodu z Pogórzem Rożnowskim, od północy z Pogórzem Wiśnickim, krańce zachodnie sięgają Beskidu Średniego i Żywieckiego.
Szczegółowe granice (zwłaszcza północna) są dosyć trudne do ustalenia i opisania, jako że w tej materii panuje dość duże zamieszanie i opinie czołowych polskich geografów (Kondracki, Klimaszewski) nie zawsze pokrywają się z ogólnie przyjętą konwencją podziału turystycznego polskich Karpat.
Uwzględniając najnowsze ustalenia prof. Kondrackiego przedstawione w „Geografii Regionalnej Polski” z 2001 r. zaproponowano następujący przebieg granic Beskidu Wyspowego:
Na południe granica biegnie od Rabki wzdłuż Raby do Mszany Dolnej, stad Mszanką na przełęcz Przysłop, dalej Kamienicą przez Szczawę do Dunajca w Nabrzeży.
Granica wschodnia biegnie wzdłuż Dunajca od Nabrzeży na północ przez Nowy Sącz, Jezioro Rożnowskie do miejscowości Tropie i Witowie, czyli miejsca, gdzie do Dunajca wpada Łososina.
Skomplikowana granica północna biegnie krótko wzdłuż Łososiny do jej połączenia z potokiem Białka, dalej w górę Białki na zachód, przez Wojakową do Rajbrotu. W rejonie Rajbrotu granica północna Beskidu Wyspowego biegnie krótko wzdłuż potoku Sanka, a potem wzdłuż Sanki i potoku Trzciana na zachód, do Łapanowa. Z Łapanowa wzdłuż Stradomki, aż do Raciechowic, tu osiąga ona kolejny dział wodny (oddzielający zlewnię Stradomki i Krzyworzeki) i schodzi w stronę obniżenia Wiśniowej, do doliny Krzyworzeki.
Granica północno-zachodnia biegnie krótko w górę Krzyworzeki, a następnie wzdłuż potoku Czerwin wspina się na przełęcz Zasańską. Stamtąd dolinami potoku do Pcimia, gdzie następnie połączenie Raby z potokiem Krzczonowskim. Tym potokiem przez Krzczonów, Tokarnię do działu wodnego miedzy dorzeczem Raby i Skawy (w okolicach Naprawy), a dalej wzdłuż potoku Skomielnianka z powrotem do Rabki.
W odróżnieniu od wcześniejszych propozycji, powyższy przebieg granic Beskidu Wyspowego opiera się o naturalne cieki i działy wodne, przełęcze i obniżenia terenowe. Zaproponowana granica północna oddziela typowo „pogórzańskie” pasma Śpilówki (517 m), Mahulca (483 m) i Glichowca (523 m) na zachodzie, od wzniesień, których wysokość sięga powyżej 600 m, a więc Kobyły (609 m), Łopusza (661 m), Kamionnej (802 m) i Kamiennika (818 m).
Pod względem hydrograficznym omawiany teren leży w dorzeczu dwóch dużych rzek karpackich: Raby (132 km dł., powierzchnia dorzecza 1567 km 2) na zachodzie i Dunajca (247 km dł., i powierzchnia dorzecza 6804 km2) na wschodzie. Spośród najważniejszych dopływów Raby należy wymienić Mszankę, Krzczonówkę, Trzemeśniankę i Krzyworzekę. Największym dopływem Dunajca jest Łososina, której źródłowy potok Półrzeczka wypływa spod Jasienia (1062 m). Do Dunajca uchodzi również kilka mniejszych potoków: Smolnik, Słomka, Jastrząbka i Czarna Woda. Na południu toczy swe burzliwe wody graniczna Kamienica. Istotną rolę w regulowaniu stosunków wodnych Beskidu Wyspowego pełnią zbiorniki zaporowe w Rożnowie, Czchowie i Dobczycach.