Jeszcze 400–500 lat temu cały obszar pokrywała zwartym zasięgiem puszcza karpacka, łącząca się z kompleksami leśnymi Gorców i Beskidu Sądeckiego. Dopiero intensywna akcja osadnicza z XV i XVI w., posuwająca się początkowo głównymi dolinami Raby i Dunajca, a później w głąb gór spowodowała znaczne zmiany szaty roślinnej i zwierzęcej. Radykalna zmiana oblicza przyrodniczego nastąpiła również w XIX i XX w. w związku z rozwojem szałaśnictwa oraz ogólnym rozwojem gospodarczym, który pociągnął za sobą trzebież lasów i zajmowanie ich na pola uprawne. Intensywnie wycinano zwłaszcza buki, między innymi na węgiel drzewny do kuźnic i do produkcji szkła. Obecnie pozyskuje się je dla wysokiej jakości drewna. Podobnie z jodłami, które zaczęły zanikać w początkach XX w. na skutek tzw. „przecinania” lasu, a tym samym zubożenia wilgotnych, zacienionych siedlisk, niezbędnych do ich odradzania.
Aktualnie, w związku z wyjątkowo rabunkową gospodarką leśną, lasy beskidzkie zmieniają się w mało wartościowe młodniki świerkowe. Smutnym przykładem są tutaj południowe stoki Jasienia (1062 m) nad Białem i Lubomierzem, czy też lasy w masywie Mogielicy, barbarzyńsko przetrzebione w ostatnich latach. Z kolei wzniesienia na północnych obrzeżach (np. Grodzisko i Kostrza) są narażone najmocniej na emisję spalin i wyziewów z zakładów przemysłowych rejonu Krakowa. Regresja lasu spowodowała jednocześnie ucieczkę części gatunków zwierząt, a zwłaszcza wielkich drapieżników, które przeniosły się bardziej na wschód, w większe kompleksy leśne Beskidu Sądeckiego i Niskiego. Według najnowszych badań lesistość Beskidu Wyspowego wynosi 42% obszaru. Ciekawostką jest fakt, że występuje tutaj najwięcej drzewostanów jodłowych w całej krainie karpackiej.
Najwieksze skupiska zwierzyny zachowały sie głównie w dzikich ostepach leśnych centralnej części omawiantj grópy górskiej (rejon Mogielicy, Jasienie, łopienia, Cwilina i Snieżnicy). W Beskidzie Wyspowym gniazduje ok. 120 gatunków ptaków, w tym 13 z polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt. Najciekawszymi przedstawicielami awifauny są głuszce, sowy leśne oraz rzedkie gatunki dzieciołów. Sporym zagrożeniem dla zachowania wartości przyrodniczych Beskidu Wyspowego mogoą być planowane inwestycje turystyczne, w tym budowa stacji narciarskiej na wschodnim stoku mogielicy. Ponadto coraz intensywniejsza zabudowa górskich szlaków przyczynia się do fragmentacji siedlisk i niszczenia najwiekszego atutu tej grupy górskiej - wspaniałych krajobrazów.
.
Najcenniejsze pod względem przyrodniczym fragmenty zostały objęte ochroną rezerwatową. Poniżej przedstawiamy krótką charakterystykę poszczególnych rezerwatów.
1. Rezerwat „Białowodzka Góra nad Dunajcem” — utworzony w 1961 r na powierzchni 67,89 ha na terenie nadleśnictwa Stary Sącz. Znajduje się w grzbiecie kończącym pasmo Łososińskie, (dwa większe wzniesienia na terenie rezerwatu to Zamczysko (608 m) i Rozdziele (617m), bezpośrednio nad zakolem Dunajca między Nowym Sączem a południowym skrajem Jeziora Rożnowskiego. Obejmuje on dobrze zachowane lasy grądowe, niegdyś typowe na tej wysokości. Występują tu w dużej ilości buk, lipa, świerk, jodła, sosna, kwitną również masowo storczyki. Wśród roślin naskalnych można spotkać rzadkie gatunki takie jak: czosnek skalny, okrzyn szerokolistny, kokoryczka wonna, irga czarna, przewiercień sierpowaty. Liczne jest również zbiorowisko roślin kserotermicznych: dąbrówka kosmata, rumian żółty, cieciorka pstra. Na Białowodzkiej Górze spotykamy okazy jarzębu brekini — jest to jedno z nielicznych stanowisk w tej części kraju. Rezerwat jest atrakcyjnym miejscem pod względem krajobrazowym. W kulminacji Zamczyska występuje kilka grzęd i wychodni skalnych, a widoki na Jezioro Rożnowskie z okolicznych polan i przecinek są bardzo piękne. Przedstawicielami fauny są: sarna, dzik, lis, borsuk, kuna leśna, dzięcioł i krogulec.
2. Rezerwat leśny „Kamionna” utworzony 25 lipca 1997 r. na stokach Kamionnej i Pasierbieckiej Góry nad Żegociną, w północno-wschodniej części Beskidu Wyspowego. Na terenie rezerwatu o powierzchni 64,04 ha chroni się dobrze zachowany drzewostan jodłowo-bukowy.
3. Rezerwat leśny „Śnieżnica” utworzony w 1968 r. obejmuje wierzchołkowe partie środkowego szczytu Śnieżnicy nazywanego Wierchy (ok. 980 m). Aktualnie rezerwat ma stosunkowo niewielką powierzchnię 8,57 ha lecz ma być powiększony w perspektywie do 24,82 ha. Chroni się tutaj wspaniale zachowany drzewostan bukowy na północnych stokach, liczne ambony i wychodnie skalne na grzędzie grzbietowej. Pojawiają się tutaj sporadycznie wilk i ryś, za to często można spotkać jelenia, sarnę, dzika i kunę leśną.
4. Rezerwat przyrody nieożywionej „Luboń Wielki” utworzony w 1970 r. na powierzchni 11,80 ha, niedawno powiększony do 35,24 ha. Jest on położony na południowym, stromym stoku Lubonia Wielkiego. Obejmuje teren osuwiska fliszowego z bogactwem form skalnych: grzędy, ambony, rumowiska skalne, rynnowate obniżenia. Przechodzi tędy żółty szlak turystyczny z Zarytego nazywany na tym odcinku „Percią Borkowskiego”. W rezerwacie i jego najbliższej okolicy znajduje się ponadto kilka niewielkich jaskiń i schronisk skalnych. Wokół wspaniały las jodłowo-świerkowy.
5. Rezerwat leśny „Kostrza” zajmujący północne zbocza Kostrzy (730 m), położony nad wsią o tej samej nazwie, powołany w 2001 r. Oprócz pięknego starodrzewu bukowego i jodłowego chroni się tu stanowiska paproci języcznik zwyczajny, licznie występuje lilia złotogłów, paprotka zwyczajna i marzanka wonna. Najstarszy okaz buka „Pan Buk” rosnący przy Kubasowej Drodze ma ponad 180 lat. Powierzchnia rezerwatu wynosi 38,56 ha
6. Rezerwat krajobrazowy „Zamczysko nad Rabą”, utworzony w 1962 r., na powierzchni 1,35 ha, w granicach Myślenic. Obejmuje las grądowy na zachodnim zboczu Uklejny (290 -340 m), fragmenty pięknego dolnoreglowego boru jodłowego, oraz ruiny baszty strażniczej z ciekawą roślinnością szczelinową. Przez rezerwat przechodzi przyrodnicza ścieżka dydaktyczna składająca się z 4 przystanków.
Na obrzeżu Beskidu Wyspowego (Pogórze Wiśnickie) znajdują się jeszcze 2 rezerwaty: „Kamień Grzyb” koło Wiśnicza, chroniący potężną wychodnię piaskowca w kształcie grzyba oraz rezerwat „Bukowiec” nad Tymową w paśmie Mahulca i Śpilówki (las bukowy i stanowiska owocującego bluszczu).
Z innych form ochrony przyrody warto wspomnieć o Wiśnicko-Lipnickim Parku Krajobrazowym utworzonym decyzją wojewody tarnowskiego w 1997 r. na obszarze 14311 ha. W perspektywie planuje się utworzenie Łososińsko-Żegocińskiego Parku Krajobrazowego na obszarze gmin: Laskowa, Łososina, Jodłownik, Tymbark, Chełmiec, Limanowa oraz Parku Krajobrazowego Doliny Kamienicy (gminy Kamienica, Łącko, Tymbark, Dobra, Mszana Dolna).
Na terenie Beskidu Wyspowego i w jego sąsiedztwie znajduje sie też dziewięć Specjalnych Obszarów Ochrony Siedlisk i sieci Natura 2000 chroniących górskie siedliska i roslinylkeśne, torfowiska, łąki trześlicowe, koryta rzeczne oraz stanowiska rzadkich gatunków ssaków drapieżnych, nietoperzy i płazów. w centralnej części zlokalizowana jest Otoja ptaków ,,Beskid Wyspowy'' chroniąca populację rzedkich gatunków ptaków leśnych i górskich.
Specjalne obszary Ochrony Siedlisk (SOOS) na obszarze beskidy Wyspowego w ramach sieci Natura 2000:
- Grota Zbójnicka ba Łopieniu, obecnie Uroczysko Łopień - ostoja nietoperzy oraz ostoja siedliska chroniąca torfowisko, buczynę, bór mieszany i jaskinie,
- Kostrza - ostoja leśna chroniąca les lipowo-jaworowy,
- Luboń Wielki - ostoja leśna chroniąca bór mieszany i zbiorowiska naskalne,
- Rba z Mszanką, srodkowy Dunajec z dopływami, Łososina, (obejmująca także fragmenty Słopniczanki i Czarnej Rzeki)- ostoje rzeczne, powołane głównie dla ochrony tarlisk ryb,
- Ostoje nietoperzowe Beskidy Wyspowego i Nowy Wiśnicz - ostoje obejmujące kilka starych kosciołów i ich otoczenie, zalesione góry np. Ciecień, Kostrzę, fragment Pasma Łososińskiego i odlesione zbocza, jako miejsca wystepowania i żerowania nietoperzy,
- Lubogoszcz - ostoja lęsna chroniąca joworzynę na Lubogoszczy,
- Łąki koło Kasiny Wielkiej - ostoja chroniąca łąki trzeslicowe,
- Tarnawka - w obecnej formie chroni dorzecze środkowej Tarnawki.