Beskid Wyspowy tworzą w przeważającej większości skały płaszczowiny magurskiej. Jest to największa terytorialnie i najwyżej usadowiona płaszczowina Karpat Zewnętrznych nasunięta na swe przedpole ok. 20-40 km. Jej południową granicę stanowi Pieniński Pas Skałkowy, natomiast na północy jej strefa brzeżna ciągnie się Jezioro Rożnowskiego w kierunku Rajbrotu, u podnóża pasemka Kamionnej (802 m) do Dobrej, a stamtąd w kierunku Myślenic. Na przedpolu płaszczowiny magurskiej znajduje się wąska strefa antyklinalna płaszczowiny śląskiej, która buduje miedzy innymi pasmo Cietnia, wzgórza na wschód od Myślenic (Glichowiec, Trupielec) i zespół niewielkich wzgórz w rejonie Tarnawy. W okolicach Myślenic północna granica płaszczowiny magurskiej zaznacza się w terenie stromym progiem, oddzielającym grupę Lubomira, Łysiny i Kamiennika od pasemka Glichowca i Trupielca.
Interesującym elementem budowy geologicznej są beskidzkie jaskinie. Dotychczas zinwentaryzowano w Beskidzie Wyspowym 63 jaskinie i schroniska skalne (stan na czerwiec 2009 r.)
Omawiając budowę geologiczną warto wspomnieć o jeszcze jednym, ciekawym jej elemencie jakim są wychodnie skałek piaskowcowych. Są one zgrupowane głównie w północnej części Beskidu Wyspowego na pograniczu z Pogórzem Wiśnickim. W centralnej części ostańce skalne znajdują się na stoku Szczebla (przy czarnym szlaku z Krupciówki), Lubonia Wielkiego (Perć Borkowskiego) oraz w rejonie Mogielicy i zachodnich stoków Jasienia. Natomiast w części północnej występuje znacznie większe nagromadzenie fantazyjnych form skalnych. Największa i najbardziej znana to bez wątpienia Diabelski Kamień w Smykani koło Szczerzyca, potężny 26-metrowy blok skalny. Duże skupisko piaskowcowych ostańców występuje w rejonie Tarnawskiej Góry i Szczakowskiej Góry. Na wschodzie, na pograniczu beskidzko-pogórzańskim najładniejszą grupę skał stanowią Kamienie Brodzińskiego nad Rajbrotem i Lipnicą Murowaną.
Wśród bogactw mineralnych na czoło wysuwają się złoża roponośne oraz źródła wód mineralnych. Poziomy roponośne odkryto w piaskowcach w okolicy Kleczan. W latach 1938-1970 wydobywano z głębokości 57 m i 189 m niewielkie ilości ropy. W 1969 r. wydobycie to wynosiło 21 ton.
Występowanie wód mineralnych wiąże się z budową geologiczną płaszczowiny magurskiej. Na terenie Beskidu Wyspowego miejscowościami obfitującymi w źródła mineralne są Szczawa i Rabka leżące na pograniczu z Gorcami.